もともとTwitterにはRT(ReTweet)という機能はありませんでしたが、一部のクライアントソフトにRTという機能が実装されていました。Replyがメールの返信に相当するのに対して、RTはメールの転送に相当するような機能で、自分をFollowしている人に対して、他の人のTweetを紹介するような機能です。
まずはじめに英語版のTwitterでRT機能が公式に実装されましたが、その動作内容が、これまで一部のクライアントソフトが行ってきたRTと結構異なるため、ちょっとした混乱があり、非公式のRTはQT(QuoteTweet)と呼ぼうという人もでてきて、QTに変更したクライアントソフトもありました。
そんな公式RTが日本語版Twitterにも本日実装されたようです。（私は英語版を使っているので未確認）
ということで、その違いを私なりにちょっと整理してみました。
【１】コメント追記
（公式RT)コメントの追記はできません。
（非公式RT)コメントの追記ができます。
【２】内容の改変
（公式RT)できません。
（非公式RT)できます。ただし、これはよくないという話もあります。もっとも多い改変は、コメントを追記したために１４０文字に収まらなくなった場合（コメントを追記しなくても、「RT @だれだれ」というのが追加になるので１４０文字に収まらなくなることがあります）に元の文章の一部を削除する場合。
【３】多重RT
（公式RT)できません。ただし元のTweetを他の誰がRTしたのかの一覧を見ることができます。
（非公式RT)できます。これにより、誰から誰へそして誰へというようなRTの流れを知ることができます。ただし１４０文字の制限があるので限りがあります。
【４】パーマリンク
（公式RT)TweetのパーマリンクはRTした人のTweetではなく、元のTweetになります。
（非公式RT)TweetのパーマリンクはRTした人のTweetになります。
【５】RT元のTweetへのリンク
（公式RT)パーマリンクがRT元のTweetになっています。
（非公式RT)基本的にはありません。したがって、まとめを作るときなど、元の発言を探そうとすると結構苦労します。ただし一部のクライアントソフトでは、Replyと同様の"in-reply-to"を付与することで元のTweetにリンクさせています。
【６】配信先
（公式RT)自分をFollowしている人全員。ただし、その人のタイムラインにすでにその元のTweetが本人または他の人のRTで表示されている場合には表示されません。
（非公式RT)自分をFollowしている人全員。ただし、"in-reply-to"を付与するクライアントソフトの場合はReplyと同じ配信先（自分とRT元の両方をFollowしている人のみ）となります。
【７】TwitterのWEBページで閲覧時の表示
（公式RT)RT元の発言として表示され、"Retweeted by だれだれ"というのが付与されます。したがってRT元の人をFollowしていない場合、いきなりFollowしていない人のアイコンが表示されてちょっとびっくりです。この件に違和感を唱える人もいるようです。
（非公式RT)RTした人の発言として表示されます。
【８】HootSweetで閲覧時の表示
（公式RT)RTした人の発言として表示されます。
（非公式RT)RTした人の発言として表示されます。
(その他のクライアントソフト、ツールについては未確認）
こんなとこかな。
まぁ、公式RT機能はHootSuiteを使っている上では、関係ない機能ですが。。。
以下はおまけ。
Togetter(トゥギャッター) - まとめ「〜式RTのまとめ」
